1.化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。
2.化肥利用率低，氮肥因為易揮發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
3.化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養(yǎng)分趨于單一，易使作物營養(yǎng)失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。
4.危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質。
5.化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6.化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環(huán)境的污染。
7.從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地利就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環(huán)。